New Vios ได้ให้ความสำคัญกับความปลอดภัยของผู้ขับขี่และผู้โดยสาร โดยมีระบบเบรกป้องกันล้อล็อค (ABS) ที่จะช่วยป้องกันล้อล็อกขณะเบรกกระทันหัน หรือ เบรกบนถนนลื่น ทั้งยังมีระบบกระจายแรงเบรก (EBD) ที่ช่วยกระจายแรงเบรกในแต่ละล้อให้ทำงานได้อย่างสมดุล เพื่อป้องกันอาการท้ายสะบัด และช่วยควบคุมรถได้ดีแม้เบรกขณะเข้าโค้ง รวมถึงเสริมแรงเบรก (BA) ช่วยเพิ่มแรงเบรกมากขึ้น ในกรณีเบรกกระทันหัน เพื่อหยุดรถได้ในระยะที่สั้นกว่า และหยุดรถอย่างความมั่นใจ ด้วยดิสก์เบรก 4 ล้อ พร้อมช่องระบายความร้อนสำหรับคู่หน้าที่ช่วยป้องกันความร้อนสะสม ขณะเบรกต่อเนื่องเป็นเวลานาน นอกจากนี้ยังมีกุญแจป้องกันการโจรงกรรม (Immobilizer) ที่ไม่ให้สตาร์ทเครื่องยนต์ได้ หากรหัสกุญแจและเครื่องยนต์ไม่ตรงกัน และระบบป้องกัน (TDS) ส่งสัญญาณเสียงเตือนภัย เมื่อมีการบุกรุก (ในรุ่น S, G, E Grade)
